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UGR Alhambra CSIRC

Aplicaciones en UGRGrid

Pulse sobre el nombre de la aplicación que quiera usar para ver las instrucciones de ejecución.

NombreDescripción
ABINITUna aplicación destinada a cálculos DFT usando pseudopotenciales orientada al estudio de sistemas periódicos.
ACMLConjunto de rutinas matemáticas optimizadas para procesadores AMD Opteron, que incluyen las bibliotecas BLAS, LAPACK y FFT, entre otras
AMBERConjunto de aplicaciones orientadas a cálculos de mecánica y dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos.
ARMCIBiblioteca de propósito general, eficiente y portable para operaciones de acceso remoto a memoria (RMA)
ATLASImplementación eficiente y portable de la biblioteca BLAS y de ciertas funciones de la biblioteca LAPACK
AntHerramienta de construcción de aplicaciones basada en Java y XML
BLACSLas liberias BLACS incorporan rutinas de algebra lineal (Basic Linear Algebra Communication Subprograms) orientadas para el uso de paso de mensajes (MPI) a la hora de desarrollar aplicaciones de algebra lineal.
BLASBiblioteca con funciones para realizar operaciones básicas con vectores y matrices
BLASTAplicación que permite realizar alineamientos de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos.
BayesTraitsPrograma de análisis filogenético
Berkeley Unified Parallel CCompilador de la Universidad de Berkeley de Unified Parallel C
BlenderPrograma para modelado, animación y creación de gráficos.
BoostConjunto de bibliotecas para extender la funcionalidad de C++
CLHEPBiblioteca para física de altas energías
CP2KAplicación para realizar simulaciones a nivel atómico y molecular de sistemas en estado sólido, líquidos, moleculares y biológicos
CPMDPrograma orientado a dinámica molecular ab-initio usando el método Car-Parrinello.
CSDBase de datos que contiene la estructuras cristalográficas de compuestos orgánicos y organometálicos.
CilkLenguaje de programación paralela multihilo basado en ANSI C
ClustalWPrograma para alineamiento múltiple de secuencias
DOCKDocking de proteínas y ácidos nucleicos.
ExaMLCódigo en MPI para el cálculo de la máxima verosimilitud para arquitecturas exaescalares (Exascale Maximum Likelihood) para inferencia filogenética
F2CTranscompilador para convertir código Fortran 77 en código C
FFTWLibrería de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier rápida
FLAMEBiblioteca de álgebra linear densa robusta, eficiente y sencilla de utilizar
G95Compilador de Fortan 95 con varias optimizaciones e innovaciones, entre ellas Co-Array Fortran
GAMESSCálculo Ab-Initio de moléculas.
GAPSistema para álgebra computacional discreta, con énfasis especial en la Teoría de Grupos Computacional
GASNetBiblioteca de comunicación de alto rendimiento para implementar lenguajes SPMD con espacio de direcciones globales
GAUSSIANQuímica cuántica (ab-initio HF, DFT)
GCCCompilador del proyecto GNU
GCC UPCCompilador de UPC del proyecto GNU
GMPBiblioteca matemática para operaciones de precisión arbitraria
GROMACSSimulaciones de dinámica molecular de proteinas y ácido nucleicos.
GSLBiblioteca númerica para programas C y C++
Geant4Conjunto de herramientas para simular el paso de partículas a través de materia
Global Arrays ToolkitInterfaz de programación para entornos distribuidos basado en un espacio de direcciones globales
GotoBLASImplementación optimizada de la biblioteca BLAS
GotoBLAS2Implementación optimizada de la biblioteca BLAS
HDF5Formato de archivo y biblioteca para datos científicos
HMMERImplementación de métodos HMM (modelos ocultos de Márkov) para análisis de secuencias biológicas
HPCToolkitConjunto de herramientas para análisis del rendimiento de aplicaciones
JavaPlataforma software para desarrollar aplicaciones multiplataforma
LAMMPSPrograma de dinámica molecular
LAPACKBiblioteca en Fortran 90 para álgebra lineal
MM5Conjunto de aplicaciones orientadas a la simulación atmosférica.
MPCBiblioteca C para aritmética con números complejos de gran precisión
MPFRBiblioteca C para operaciones de múltiple precisión en coma flotante
MPIAPI para programación paralela con el modelo de memoria distrubuida para C/C++ y Fortran
MPJ ExpressImplementación en Java de MPI
Macaulay2Aplicación para geometría algebraica y álgebra conmutativa
ModulesPaquete para modificar de forma dinámica y sencilla el entorno de usuario
MrBayesUna aplicación filogenética de determinación de la similitud evolutiva de varias especies.
NAMDAplicación orientada a dinámica molecular de proteínas y ácidos nucléicos.
NWChemPrograma para realizar cálculos Ab-Initio de moléculas y sólidos, así como dinámica molecular.
NetCDFBiblioteca para acceso a datos en arrays para C, Fortran, C++, Java y otros lenguajes
OSKIBiblioteca con primitivas para matrices dispersas automáticamente optimizadas
OctaveOctave es un programa libre para realizar cálculos numéricos orientado al análisis numérico.
Open64Compilador open-source optimizado para arquitecturas Itanium y x86-64
OpenMPAPI para programación paralela con el modelo de memoria compartida para C/C++ y Fortran
Parallel NetCDFImplementación paralela de NetCDF
PathScaleCompilador de QLogic para obtener un alto redimiento en arquitecturas AMD64
PhyMLPaquete software para estimar filogenias de máxima verosimilitud a partir de alineamientos de secuencias de nucleótidos o aminoácidos
PythonPython es un lenguaje de script independiente de plataforma y orientado a objetos, preparado para realizar cualquier tipo de programa.
Quantum EspressoPrograma de cálculo de estructuras cristalinas basado en ondas planas.
REntorno para cálculo y generación de gráficos estadísticos
SIESTASIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousand of Atoms) se refiere a un método y a su implementación en un programa, para realizar cálculos de estructura electrónica y dinámica molecular.
SINGULARSistema de álgebra computacional para cálculos con polinomios
ScaLAPACKSubconjunto de la biblioteca LAPACK diseñada para entornos de memoria distribuida
SunStudioCompiladores y herramientas de desarrollo para programas en C, C++ y Fortran de Sun Microsystems
SuperLUBiblioteca para la resolución directa de sistemas de ecuaciones lineares
ValgrindConjunto de herramientas para depuración y profiling de aplicaciones
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